為進一步完善中國良好農業規范(GAP)認證制度，推動良好農業規范國家標準的貫徹實施，充分發揮認證認可對促進我國綜合農業生產能力和農業可持續發展的作用，國家認監委對2006年1月發布的《良好農業規范認證實施規則(試行)》(CNCA-N-004:2006)進行了修訂,發布了《良好農業規范認證實施規則》(CNCA-N-004:2007)和良好農業規范認證產品目錄，該規則自2008年1月1日起施行。

　　新規則中，多處提到“審核”和“檢查”，如：

　　-在實施規則5.3.1中，“不論申請一級還是二級認證，所有適用的控制點(包括一級、二級和三級控制點)都必須審核/檢查，并應在檢查表的備注欄中對所有不符合進行描述。”

　　-在實施規則5.3.2中，“在審核/檢查中應收集對每個控制點的審核和檢查證據。一級控制點的審核/檢查證據應在檢查表的備注欄中記錄，以便追溯。”

　　- 在實施規則5.3.3中，“良好農業規范相關技術規范中被標記為‘全部適用’的控制點，除非特別指出，都必須經過審核和(或)檢查。只有經國家認監委特許的例外可免除該條款的審核/檢查。

　　從適用對象來看，審核只適用于管理體系，而檢查則適用于特定的產品、服務或過程。

　　從認證類別來看，審核僅適用于農業生產經營者組織認證(即按選項2認證)，GAP認證而檢查則適用于農業生產經營者和農業生產經營者組織認證(選項1和選項2認證均涉及)。

　　從表現形式上看，審核包括內部審核、外部通知審核和外部不通知審核;而檢查包括內部檢查、外部檢查和不通知監督檢查。

　　從實施依據看，審核依據的是規則附件4《農業生產經營者組織質量管理體系》，而檢查則適用于良好農業規范相關技術規范中適用的控制點要求。

　　從實施頻次來看，管理體系每年至少要進行一次內部審核，認證機構每年對農業生產經營者組織的質量管理體系進行一次外部通知審核，外部不通知審核則需在審核前48小時內提供審核計劃。而檢查，每年至少一次內部檢查，包括申請等級內的全部控制點;按抽樣規則，認證機構每年對農業生產經營者組織的成員至少進行一次外部通知檢查;而外部不通知檢查只需在檢查前48小時內提供檢查計劃。

　　從實施的人員上看，實施審核的審核員應符合ISO19011：2002《質量和/或管理體系審核指南》7“審核員的能力和評價”要求，而實施檢查的檢查員應符合新規則附件2《檢查人員要求》的要求。

　　從結果處理來看， 質量管理體系審核的不符合項完全得到糾正，糾正措施達到可接受水平，方可頒發認證證書;而檢查符合相應級別(一級或二級)控制點百分比要求，方可頒發相應級別認證證書。

　　從抽樣比率看，審核是按選項2認證，認證機構每年至少抽取10%(不少于1個)的農業生產經營者組織進行不通知審核，審核僅覆蓋質量管理體系;而檢查則是按選項1認證，認證機構進行不通知監督抽查時，抽查的農業生產經營者不低于10%(最少不少于1家)，檢查可僅對相關技術規范使用的一二級控制點;按選項 2進行初次認證，外部檢查抽樣數不少于農業生產經營者組織成員數量的平方根;外部不通知檢查數量為初次認證抽樣數量的50%。

　　由以上9個方面的比較可看到，在GAP認證中，“審核”和“檢查”的內涵是有明顯區別的，絕不可以等同替代。